דגל בשקורטוסטן מורכב משלושה פסים אופקיים – מלמעלה למטה: כחול-טורקיז, לבן וירוק. הדגל נמצא בשימוש רשמי מאז 25 בפברואר 1992, ובמרכז הפס הלבן שלו מוטבע פרח הקוראי (Kurai).
הישות הלאומית הראשונה שייצגה את העם הבשקירי הייתה מדינת בשקורטיסטן, אשר השתמשה בדגל דומה מאוד לדגל הנוכחי: טריקולור שהורכב מכחול, ירוק ולבן. לאחר סיפוח בשקורטיסטן בברית המועצות בשנת 1919, היא נקלטה כרפובליקה אוטונומית (הרפובליקה הסובייטית הסוציאליסטית האוטונומית הבשקירית). כנהוג ברפובליקות האוטונומיות, הדגל שונה לדגל אדום הנושא את שם המדינה, והיה זהה לחלוטין לדגל הרפובליקה הסובייטית הפדרטיבית הסוציאליסטית הרוסית של אותה תקופה.
דגל הלאום הראשון של בשקורטוסטן עוצב על ידי המדינאי הבשקירי אחמצקי אחמטשחוביץ' ואלידוב (1890–1970). הדגל כלל שלושה פסים אופקיים בגודל שווה: כחול, ירוק ולבן. הוא אושר רשמית בצו ממשלתי ב-20 באוגוסט 1918, ושימש במקור גם כדגל משותף של הצבא הבשקירי. באותה תקופה, הצבע הכחול סימל את איחוד הבשקירים עם העמים הטורקיים, הצבע הירוק סימל את האסלאם, והצבע הלבן סימל את השאיפה לשלום, אושר ושגשוג.
עם הקמת הרפובליקה האוטונומית ב-1922, אומץ דגל אדום פשוט הנושא את ראשי התיבות של שם הרפובליקה. ב-1924, צו ממשלתי החליף את ראשי התיבות בסמל הפטיש והמגל המוכר וב-1937, עם קבלת החוקה החדשה, אושר דגל מדינה חדש שהיה זהה לדגל רוסיה הסובייטית, למעט תוספת כיתוב ייחודי (שעבר התאמה קלה ב-1938 כאשר השפה הבשקירית עברה לשיטת כתב חדשה). ב-1954, אומץ דגל חדש שהיה מבוסס על דגל רוסיה הסובייטית של אותה תקופה, בתוספת ראשי התיבות של הרפובליקה האוטונומית בשפות הבשקירית והרוסית.
לאחר אימוץ הצהרת הריבונות ב-11 באוקטובר 1990, הסמלים הקומוניסטיים הישנים כבר לא שיקפו את המציאות החדשה, ונוצר צורך דחוף בסמלים לאומיים חדשים. עוד לפני עיצוב הדגל החדש, מנהיגי התנועה הלאומית הבשקירית נטו לאמץ מחדש את דגל בשקורדיסטן ההיסטורי מ-1918.
בנובמבר 1990 הכריזה מועצת השרים על תחרות ארצית לעיצוב סמלי המדינה. לוועדת התחרות הוגשו כ-40 טיוטות של דגלים מאמנים בשקירים בולטים. הפרויקט שזכה בתחרות עוצב על ידי עורך האמנות אוראל מסלימוב ואולגה אסבינה, סטודנטית מבית הספר לאמנויות של אופה. פרח הקוראי ששולב במרכז הדגל עוצב במקור על ידי ניל חביבולין בשנות ה-60 כשומר מסך לטלוויזיה עבור "יום התרבות הבשקירית בלנינגרד".
סדר הפסים המקורי שונה בשנת 1991, לאחר שרפובליקת קומי (רפובליקה אחרת ברוסיה) אימצה דגל כמעט זהה. כדי למנוע כפילויות, הוחלט להחליף בין מיקומי הפסים הירוק והלבן וב-25 בפברואר 1992, שונה שמה של הרפובליקה באופן רשמי ל"הרפובליקה של בשקורטוסטן" על ידי המועצה העליונה, והדגל אושר רשמית כדגל ריבוני.
צבעים, אלמנטים וסמליות
פרח הקוראי מסמל ידידות, ושבעת עלי הכותרת שלו מייצגים את שבעת השבטים שהביאו לאחדות ולגיבוש של בשקורטוסטן.
הפס הכחול מייצג את היושרה והמצוינות של מחשבות העם הבשקירי.
הפס הלבן מייצג את שוחרות השלום שלהם ואת נכונותם לשיתוף פעולה.
הפס הירוק מייצג חופש וחיי נצח.