דגל ברלין מורכב משלושה פסים של אדום-לבן-אדום, כאשר שני הפסים החיצוניים תופסים כל אחד חמישית מגובהו, והאמצעי תופס את שלושת החמישיות הנותרות. הוא מעוטר בדב בדגל האזרחי, בעוד שהוא נושא את סמל האצולה של ברלין בדגל המדינה. הדגל האזרחי של מערב ברלין אומץ ב-26 במאי 1954. הוא תוכנן על ידי אוטפריד נויבקר והגיע למקום השני בתחרות של שנת 1952, לאחר שהזוכה נדחה על ידי הסנאט. הדב ממוקם מעט מחוץ למרכז לכיוון שמאל. ניתן היה למצוא דב על חותמים, מטבעות וטבעות חותם כבר מסוף המאה ה-12 (אך לא כאלמנט סמלי לפני 1709), ככל הנראה בשל זיקה לשונית-חזותית לשם העיר.
דגל ברלין מחליף את הדב בסמל האצולה המלא, כאשר הדב נמצא בתוך המגן. בהיותו דגל המדינה של מערב ברלין, הוא הפך לדגל של העיר כולה לאחר איחוד גרמניה מחדש בשנת 1990. לפני כן, הוא שימש גם כדגל ימי, מכיוון שלא ניתן היה להשתמש באף דגל קיים אחר. יחס הדגל הוא 3:5. עם זאת, הוא שימש רק עד שנת 2007, אז בית הנבחרים (Abgeordnetenhaus) העביר הצעת חוק לביטול דגל המדינה. מאז, לברלין יש רק דגל רשמי אחד.
בין השנים 1618 ל-1861 שימש דגל בצבע שחור מעל לבן הן כדגל אזרחי והן כדגל מדינה, תחת שלטון ברנדנבורג ושלטונות פרוסיה שבאו בעקבותיו. בין השנים 1861 ל-1912, שימש דגל שלושה-פסים אופקי ("טריקולור") של שחור, אדום ולבן ביחס ממדים של 2:3. הוא תוכנן על ידי ארנסט פידיצין בהתבסס על צבעי ברנדנבורג בעקבות הכתרתו של וילהלם הראשון ב-19 בדצמבר 1861.
בין השנים 1913 ל-1954, הדגל האזרחי היה דומה לדגל הנוכחי, פרט לכך שעיצובו של הדב היה שונה. עד שנת 1935, הסמל עצמו לא נקבע רשמית. משנת 1955 ואילך, למזרח ברלין הייתה תוספת של שני פסים לבנים שתפסו את החצאים החיצוניים של הפסים האדומים העליונים והתחתונים, ועיצוב שונה במקצת עבור הדב בתוך מגן, שבראשו כתר. דגל מזרח ברלין היה אפוא גרסה משונה במקצת של דגל המדינה הישן, כאשר נמנעו במכוון מהדגל האזרחי במזרח ברלין ואימצו אותו, לעומת זאת, כרשמי במערב ברלין בשל היות הדב בדגל האזרחי מחוץ למרכז שמאלה ופונה שמאלה, מה שהצביע על אוריינטציה (פנייה) כלפי המערב. דגל מערב ברלין אומץ עבור ברלין כולה לאחר 1990.
עד שנת 2007 היו לברלין שני דגלים רשמיים (האזרחי עם הדב החופשי, ודגל מדינת ברלין עם הדב בתוך מגן וכתר). השימוש הכפול יצר בלבול רב בקרב הציבור ומשרדי הממשלה. כדי לפשט את הבירוקרטיה, הסנאט של ברלין קבע ב-2007 כי הדגל האזרחי המציג את הדב החופשי (ללא מגן) יהיה הדגל הרשמי היחיד והבלעדי של המדינה והעיר ברלין.
במהלך המלחמה הקרה, מזרח ברלין הקומוניסטית רצתה להציג מראה "ריבוני" משלה. הדב של מזרח ברלין הוכנס בתוך מגן שבראשו הונח כתר אדום. כתר מסוג זה מייצג חומות עיר וחופש אזרחי. השימוש בכתר על ידי השלטון המזרח-גרמני הקומוניסטי נתפס במערב כאירוניה מוחלטת, בהתחשב בכך שהעיר הייתה חצויה על ידי חומת ברלין המבוצרת. עם נפילת החומה ב-1989, בוטל לגמרי דגל מזרח ברלין.