מאז עצמאותה של מקסיקו, דגלה הייחודי מייצג את ההיסטוריה התרבותית העשירה של המדינה ואת חוסנה. מצבעיו ועד לתיאור המורכב של עיט האוכל נחש, הדגל גדוש בסמליות ובהיסטוריה.
לאורך 11 שנות המאבק לעצמאות מקסיקו, נעשה שימוש בדגלים ובכרזות שונים. בין הדגלים המוקדמים ביותר הייתה כרזה צהובה המתארת את הבתולה מגוואדלופ, שהונפה על ידי מנהיג המרד, האב הידאלגו ותומכיו, במהפכת 1810. כאשר ספרד חתמה על אמנת קורדובה ב-1821, זכתה עצמאותה של מקסיקו להכרה, והדגל הרשמי הראשון נקרא "דגל שלוש הערבויות", שייצג את הברית בין כוחות הצבא המלוכניים לבין המורדים. דגל זה הציג את ערכת הצבעים הנוכחית של דגל הלאום של מקסיקו; פסים אלכסוניים בירוק, לבן ואדום, כל אחד מהם מנוקד בכוכב מוזהב בעל שישה קודקודים. בגרסה זו של העיצוב, לבן סימל את הקתוליות, ירוק ייצג עצמאות פוליטית, ואדום סימל אחדות.
הדגל שונה מאוחר יותר כדי להציג פסים אנכיים, וגרסה של סמל העיט נוספה ב-1823 כסמל לזהות לאומית, על פי ה-"Mexico Daily Post".
תחת ממשלתו של בניטו חוארס, בין השנים 1858 ל-1872, השתנו המשמעויות הרשמיות של הצבעים כדי לייצג את הפרדת הדת מהמדינה. במהלך השנים, שינתה מקסיקו ועיבדה את סמל הלאום פעמים רבות, דבר המשקף שינויים פוליטיים וחברתיים. הגרסה הנוכחית של דגל מקסיקו אומצה רשמית ב-16 בספטמבר 1968, על ידי הנשיא גוסטבו דיאס אורדס.
מקסיקו חוגגת את יום הדגל (Día de la Bandera) מדי שנה ב-24 בפברואר. תלמידים נוהגים לשיר את המנון ה-"El Toque de Bandera" כמסורת.
אלמנטים וצבעים
אחד האלמנטים הייחודיים של דגל מקסיקו הוא סמל המדינה המרכזי שבו, המתאר עיט האוכל נחש, מעוטר בעלי דפנה וקקטוס. סמל הדגל הדרמטי מבוסס על האגדה כיצד המשיקות (או האצטקים) נדדו מאצטלאן כדי למצוא את המקום שבו יוכלו להקים את האימפריה שלהם. האל ויצילופוצ'טלי ייעץ להם שסימן – עיט הטורף נחש על גבי קקטוס נופאל – יופיע בפניהם בנקודה המדויקת שבה עליהם להתחיל בבנייה. על אי קטן במרכז אגם, נתקלו המשיקות במחזה בדיוק כפי שתיאר ויצילופוצ'טלי. הם התיישבו שם מיד וייסדו את העיר טנוצ'טיטלאן, שהיא כיום מקסיקו סיטי, בירת המדינה.
שלושת הצבעים של דגל מקסיקו נושאים משמעות עמוקה עבור המדינה ואזרחיה: ירוק מייצג תקווה וניצחון, לבן מסמל את טוהר האידיאלים המקסיקניים, ואדום מעלה בזיכרון את הדם שניגר על ידי גיבורי האומה.