דגל פוג'יירה מציג סיפור חריג בנוף של איחוד האמירויות הערביות, שכן כיום האמירות אינה משתמשת כלל בדגל מקומי משלה. בשנת 1975 החליט שליט פוג'יירה לאמץ את דגל הפדרציה של איחוד האמירויות הערביות כדגלה הרשמי והיחיד של האמירות, כאות להשתלבות מוחלטת באיחוד, ובכך נזנח הדגל ההיסטורי לחלוטין. עם זאת, גלגוליו של הדגל המקומי עד לאותה שנה מספקים הצצה למעמדה הפוליטי הייחודי של פוג'יירה במפרץ הפרסי.
באופן היסטורי הניפה פוג'יירה דגל אדום חלק לחלוטין. צבע זה היה נפוץ בקרב שבטי המפרץ וסימל אומץ לב, כוח צבאי ועצמאות. בניגוד לאמירויות אחרות כמו אבו דאבי או דובאי, פוג'יירה לא הוכרה כישות עצמאית על ידי הבריטים בעת חתימת הברית הימית הכללית בשנת 1820. מכיוון שלא הייתה חתומה על ההסכם, היא לא נדרשה להוסיף שוליים לבנים או פס לבן לדגלה האדום כדי להבדיל את ספינותיה מספינות שודדי ים, ולכן הדגל האדום החלק נשאר בשימוש ללא כל שינוי או תוספת.
שינוי משמעותי בעיצוב התרחש בשנת 1952, השנה שבה הכירה האימפריה הבריטית בפוג'יירה כאמירות עצמאית באופן רשמי. כדי לציין את המעמד הפוליטי החדש ולהקל על זיהוי ספינותיה, הוחלט להוסיף את שם האמירות בערבית, אל-פוג'יירה, בצבע לבן במרכזו של הדגל האדום. עיצוב זה סימל את גאוותה של האמירות על עצמאותה המוכרת ושימש אותה במשך כמעט עשור.
בשנת 1961 הוחלט לפשט בחזרה את העיצוב, הכיתוב הלבן הוסר, והאמירות חזרה להשתמש בדגל האדום החלק והמסורתי. דגל זה המשיך לייצג את פוג'יירה גם בעת הקמת איחוד האמירויות הערביות בשנת 1971, עד שלבסוף כאמור הוחלף לחלוטין בדגל הלאומי הפדרלי המוכר לנו כיום.
לפני שנת 1952, דגל פוג'יירה היה אדום חלק. פוג'יירה לא חתמה על ההסכם הכללי משנת 1820 עם הבריטים, ולכן המשיכה להשתמש בדגלה האדום והחלק.
בין השנים 1952 ל-1961 נוסף שם האמירויות לדגל, ודגל אדום הנושא את שם האמירות בקליגרפיה ערבית לבנה (الفجيرة) אומץ כדגל ייחודי כדי להבדילה מהאמירויות השכנות. בשנת 1975 בוטל השימוש בדגל האדום החלק וכיום משמש דגל איחוד האמירויות הערביות למטרות רשמיות.
